Sus orígenes se remontan a 1410 cuando el expedicionario normando Jean IV de Béthencourt mandó a construir un templo que seguía los parámetros del estilo gótico francés. El edificio sustituiría al pequeño oratorio, levantado en los momentos de la conquista y destinado a acoger a la imagen de la Virgen, traída por los conquistadores. En él también se cristianizaron a los aborígenes que sobrevivieron a la llegada europea.
La parroquia de Betancuria, fue la tercera sede de una diócesis en las Islas Canarias (el emífero Obispado de Fuerteventura), tras la de Telde en Gran Canaria (1351) y San Marcial del Rubicón en la isla de Lanzarote (1404), posteriormente trasladada a Las Palmas de Gran Canaria en 1483. Ya en 1819 se crearía el cuarto obispado de la historia de Canarias, el de San Cristóbal de La Laguna en la isla de Tenerife, que rige hoy la mitad occidental del archipiélago.
El 8 de julio de 2019 fue declarada Bien de Interés Cultural por parte del Gobierno de Canarias.
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Betancuria – Fuerteventura, Las Palmas.